Модификации.

Як-40 "Аква" - самолёт для исследования атмосферы и облаков. В 1986 году на Минском авиаремонтном заводе №407 ГА переоборудован 1 самолёт по заказу Украинского НИИ Госкомгидромета. Отличается подкрыльевыми контейнерами системы пиротехнических генераторов воздействия СПВГ-40.

Як-40 "Калибровщик" - самолёт для проверки наземных радиомаяков. Изготовлен в 1 экземпляре для авиакомпании "Малев" (Венгрия).

Як-40 "Лирос" - самолёт для исследования атмосферы. Изготовлен по заказу Госкомгидромета СССР.

Як-40 "Метео" - многоцелевая метеорологическая лаборатория. Разработан на авиаремонтном заводе №407. Несёт на борту комплекс информационно-регистрирующей и измерительной аппаратуры.

Як-40 "Салон" - с салоном I класса на 11 мест. Выпускался, в основном, на экспорт. Изготовлено 32 самолёта.

Як-40 "Салон" - с салоном II класса на 20 мест. Изготовлен 51 самолёт.

Як-40 "Фобос" - летающая лаборатория. На заводе №407 переоборудован 1 самолёт. Использовался НПО им. С.А.Лавочкина в широком спектре научно-исследовательских работ.

Як-40 "Шторм" - метеолаборатория. Авиаремонтным заводом №407 переоборудован 1 самолёт для Высокогорного геофизического института. Предназначен для исследования различных атмосферных явлений и воздействия на них.

Як-40Д - модернизированный. Отличается топливной системой с 2 дополнительными крыльевыми баками и централизованной заправкой, навигационным оборудованием для полётов по международным авиалиниям. Дальность полёта увеличена до 2500 км.

Як-40ДТС - десантно-транспортный, санитарный. Предназначен для десантирования людей и грузов, а так же для перевозки раненых с возможностью оказания медицинской помощи в полёте.

Як-40К - конвертируемый. Предназначен для грузовых и смешанных перевозок (10 пассажиров и 2150 кг груза или 18 пассажиров и 1150 кг груза). Выпускался в 1975-1981 годах.

Як-40П - повышенной дальности полёта (проект). Разработан в 1977 году. Отличается 2 дополнительными топливными баками по 1000 л. каждый.

Як-40РЭО - самолёт для лётных испытаний и исследования пилотажно-навигационного оборудования различного назначения. Разработан в НПО "Взлёт".

Як-40-25 - летающая лаборатория для отработки систем радиоэлектронного оборудования. Изготовлен в 1 экземпляре.

Як-40TL - с 2 двигателями Текстрон Лайкоминг LF507 (проект). Разработан в 1992 году.